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今までのバグの原因が判明した。
OpenCLカーネル内で、片方のスレッドがもう片方のスレッドの結果を上書きしていた模様。
これにより、実行の順番によって結果が変動していたようだ。
GPUのときに失敗しなかったのは、単純に運がよかっただけのようだ。

とにかく、これでバグは全部ないはずなのでベンチマークができる状態に仕上げなければ。