8/28 スミス

C言語版のSWアルゴリズムの実装を発見しました。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/doxyhtml/smith__waterman_8c-source.html

先生の監修のもとで、StreamDNAの骨子もできてきたので頑張ります。

8/24

改訂版ToDo

StreamDNA
・アーキテクチャ図を作成する
・技術的にインパクトのあるような応用分野を探す（特にテーラーメイド医療）
・SWを動かす　適当なFASTA、チャレンジデータも併せて探す
・SeqEMUはすぐに終わらす

StreamWeb
・早めにSPADEの論文を読み、楽天提出用にまとめる

8/23 SeqEMU

まずは、以前のソケットプログラム演習のソースをいじってサーバとクライアントを作った。
サーバはSystem Sが稼動すると必要なくなるので最低限の機能のみ。
クライアントは、今後実験に必要な機能をどんどん追加していく予定。

＊サーバ　　　：ポートを開いて文字列を受け取って表示を繰り返す　それだけ
＊クライアント：アドレス、ポートを指定して文字列を送信する
＊追加予定の物：時間の間隔を指定し、自動でランダム文字列を送り続ける機能
　　　　　　　　時間の間隔と送信する文字列の対の列を入力し、それに従って送信を行う機能

＊入力ファイルの例
time,char
10, AGTTGCCT
12, GGATTC
20, CTCTAAGAA
8, ATTAGTCA
単位はたぶん秒でよいと思う。

実行してみた結果。まだクライアントは毎回文字列などを指定する必要がある。
＊＊＊＊サーバ＊＊＊＊
matsuura@suzumura-compaq:~/StreamDNA$ ./server.rb 8888
server is on 8888:0.0.0.0:0.0.0.0
AAGCGTAT
AAGCG
AAGCGTT
AAGCGT
AGCGT
TTAGCGT
TCCTAGCGT
./server.rb:14:in `accept': Interrupt
from ./server.rb:14
matsuura@suzumura-compaq:~/StreamDNA$

＊＊＊クライアント＊＊＊
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGTAT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGTAT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCG
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGTT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 TTAGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 TCCTAGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$

まずはクライアントの自動化を実装するつもり。
FASTAファイルやSWのCPUでの実行も早めに行いたい。

8/21 CUBLAS

FASTAファイルを探したが、よくわからなかったのでCUBLASを触ってみた。
松岡研の丸山さんのサンプルプログラムsimpleCUBLAS.cをコンパイルした。
コンパイルオプションがややこしいのでここにメモしておきます。

$gcc simpleCUBLAS.c -lcublas -L/usr/local/cuda/lib -I/usr/local/cuda/include

-l, -L, -Iがないとコンパイルエラーが起きる。
"/usr/local/cuda"の部分は、NVIDIAのドライバをインストールしたディレクトリなので、環境依存。
鈴村研の環境では、上記のディレクトリにライブラリファイルとインクルードファイルがあります。

8/20 ToDo

研究環境整備
1.RHELアカデミックをダウンロード、TESLAノードにインストール
2.松岡先生のサーバの消費電力、HDDの拡張性、筺体サイズを調べる
3.上記マシンを9Fサーバルームに設置できるか野呂さんに伺う（電源面、容積面）
（4.PS3にRHEL or CentOSを再インストール）

StreamDNA
1.東君からもらったログを解析して画像の出力タイミングをまとめる＜目標9月上旬＞
2.上記データを元に、シーケンサエミュレータ（仮称 SeqEmuもしくはUSOLiD）作成＜目標九月下旬＞
3.Syetem S上でのCPU版SWの実行環境を作り、SeqEmuと連動させて評価＜目標工大祭まで＞
　特に、3での評価内容はポスターを作成してRECOMBに提出したり工大祭で展示したりしたい。
　CPU版ストリームSWは、今後GPU版との比較対象となるので詳細に実験を行う必要がある。
　UDOP+GPUは森田君と老木君が先行して研究してくれるそうなので、まずはUSOLiDの開発に勤しむ。
　研究は早い者勝ちなので、目標はあくまでも最悪の場合の目安とし、なるべく素早く成果を出す。

TRLインターン
1.同意書作成
2.衣類の確保（ビジネスカジュアル　他のインターン生より真面目な学生に見えるように！）
3.UDOPのためのC++の勉強　老木君がかなりのデータを蓄積しているそうなので、教えていただく

その他
小長谷先生の「どの」マシンを「いつまで」使用できるのかを調べる。
DNS、SAMBAがなくなるようならば早急に仮マシンを整備する必要がある。

8/18院試

一ヶ月以上の間、院試対策の勉強をしてきましたが、勉強した内容の九割近くが無駄でした。
自分の想像力と学力では、仮に一年勉強したとしても今回の出題内容をカバーすることは不可能でしょう。
研究室に残れる可能性も非常に低いです。北の国に旅に出たい気分です。

8/17前日

いよいよ明日です。頑張ります。

以前からことあるごとに不揮発性次世代メモリの話が出てきますが、なかなか実用化されないので残念です。
メインメモリが不揮発化すると、OS・ミドルウェア・ソフトウェア全てのパラダイムが変わってしまうそうですが、
まだ現物も出てこないし具体的な応用例も出てこないので実感がつかめません。
ただ、なんとなく今までにはない新しい使い方が出てきそうな気がします。
DSMS関連でも、それ以外の分野でも色々ビジネスチャンスがありそうですが、どうなんでしょう。

8/13

無事帰還しました。明日研究環境の再起動を行います。

8/5 発熱

月曜の早朝から40度近くの高熱が続いて、今朝方ようやく快方に向かいました。
38度までは何とか行動できるのですが、39度を越えると途端に動きが取れなくなって困りました。
自販機に行くのも重労働なので水分を取るのもひと苦労でした。

ひたすらベッドで寝てばかりいたので体温を測るくらいしか気を紛らわす方法がなかったのですが、
どうせなら測定時刻と解熱剤の摂取時刻と一緒にどこかに記録しておけばよかったです。

CPUが熱暴走したりトランジスタが熱破壊を起こす気持ちが少しはわかったような気がしました。
シリコンは物理的に温度を下げればいいだけなので、問題の難易度に歴然とした差はありますが。

先週佐藤さんがおっしゃっていた、自律フィードバック制御システムが非常に気になっています。
全ての技術が進歩し続ける、または十分進歩するという前提を立てると、
コーディングや制御の自動化はいずれ必要不可欠なものになると容易に想像がつきます。
果てしてその時、コンピュータはこれまでのような信頼性を保てるのかというのが懸念です。
（信頼性とは、故障やデータの一貫性管理のミスではないような本質的な計算の非一致と考えてください）
（人間の、昨日は肉が食べたかったが今日になっていきなり野菜が食べたくなる、というようなやつです）
かなり抽象的で直観的な話ですが、そのとき機械は人間的な不確定性を持ち得るような気がします。