12/31 グラフ

SSTのWindowサイズ49、計算ノードは3ノードで各2プロセスずつ6プロセスでソケットを使いきった状態。

レイテンシやタプル数については前回と同様の傾向を示している。
896が特異点だが、これはCPU使用率とタプル数が同時に下がっているので、
何らかの理由でタプル数が制限されてしまっただけと思われる。

CPU使用率は1024-1152あたりから激しく値が乱れてしまう。
確証はないが、たぶん1024以降は実際は100%に貼りついている状態だと思われる。
現実的にはここでノード数を増やすべきだろう。

12/26 レイテンシ・タプル測定

以前に実装したタプルカウンタを組み込んで再びレイテンシを測定した。
上のグラフは前回のグラフにタプルカウンタ実装時の値を追加したもの。
前回から追加されているグラフがタプルカウンタを実装後のレイテンシ。
後半レイテンシが荒れている部分があるが、ところどころに確からしい値があるので何か別の要因が考えられるが詳細な原因は不明。
計測結果をNFSに吐くノードはわけてあるものの、タプルカウンタを動かすと負荷は増える。

下のグラフはthrottledRateによる理論値とタプルカウンタによる実測値を比較したもの。
512までは理論値の半分、それ以降は腹這いとなっていることがグラフから見て取れる。
タプルカウンタ単体では理論値とほぼ等しい動きを示したので、これはタプルカウンタの異常ではなく、
レイテンシが発散しないという現象に対しての、SPADE（TCP/IP?）が供給レートを下げているためだという仮説を立証ことができた。

CPU使用率の測定は現在実行中。明日の朝には実験が終わっているはずだ。

12/23 レイテンシ詳細

赤が平均値、青が最大値、緑がノード数／一秒間のタプル数。
測定はsaからソース1ノード、計算3ノードを使用。

1024を過ぎたあたりからいきなりレイテンシが増加しはじめ、3000から4096へと向けて収束していく。
レイテンシが収束するのはSystemSがストッパーになっている模様。

1024までは線形だが、どうしてこのようなグラフになっているかは謎。

12/18 レイテンシ計測と研究室の環境整備

・研究

レイテンシ測定。x軸はThrottledRateで2のべき乗。y軸はレイテンシ（秒）。
青は最大値、赤は最小値、緑は平均値。

圧縮なしのSSTでWindowサイズは49。思えば行列圧縮のお陰で多大な苦労を強いられたと思う。
割合早い段階でレイテンシが一定になるので、今度は32-512の範囲で細かな計測を行っている。
タプル数とレイテンシの関係がわかったら、とうとう負荷分散プログラムの実装に入れる！

・環境整備
まずはルータ。マイクロ総研の憎たらしいルータは、設定画面のはじっこに見逃していた項目があっただけだった。
これで研究室側のネットワークは全てGigabitに！
今まで使っていたBuffaloのWLAN+Routerはルーティングをオフにしてブリッジ+WLANとして学生室に配置。
これにより今までにない電界強度で無線に接続可能です。
IPやDHCP、DNSの設定は今までと変わりないのでそのまま接続できる。

計算クラスタだが、今日はMACアドレスによるPXEブート時に読み込むキックスタートファイルの切り替えを実験した。
具体的には、sa01-08ノードのHDDをすべてさらのものと入れ替えて、sb01-08のインストールを同時に行ってみた。
SMARTのエラーやMACアドレスの書き間違えなどで少し手間取ったが、一応8台同時に異なる設定でのインストールが可能となった。
MACアドレスとキックスタートファイルを正しく準備できればどれだけ台数が増えようとも問題ない。

sb01-08にはLANも電源も繋がれていないので起動不能だが、それさえ準備できればOS・SystemSともに実行可能になっている。
saはMemoryが8GBだが、sbは4GBなのでその点は注意が必要。

あまり研究には影響がないが、antaurノードに二台目のHDDを接続してSAMBAのバックアップを開始した。
Windowsからのファイル保存もこれで安心して行える。

12/4 NetBootとSystemS

前々から予告していたSystemS用シェルがついに完成した。
自動でNIS,NFS,SystemS用のファイルのインストールを行い、すぐにログインしてSystemSを実行できる環境を構築することができます。
とりあえずsa01というノードで実験を行ってSystemSが実行できることを確認しました。
クラスタ全体へのインストールもわずかエンター数回で終わらせられるので、早々にクラスタ環境を整えられそうです。

レイテンシカウンタのほうは進展がなくてヤバイのでそろそろ頑張ります。

12/3 レイテンシカウンタ

三日ほどレイテンシカウンタの実装で悩んでいたが、結果が吐き出されない理由は遂にわからなかった。
しかし、うまくいかなくても一度キャンセル→サブミットすると案外正しい結果が出る場合があるので、
自分の実装の問題ではなくSSTの実装の問題の模様。同様のことを森田君も以前言っていたような。

もう一つ、レイテンシが異常に大きいというのもただ単に時計がずれていただけの話だった。
NTPDATEで時間をある程度そろえてから実行したらまともな値になった。

最後にこれだけは解決できなかった問題だが、レイテンシがどうやら最初からの積算で計算されているようだ。
SPADEのtimeMicroseconds()とFunctor内の式の組み合わせがよろしくないのかもしれない。
もしくは、AggregateのMax()が悪さをしているのかも。
これは明日に持ち越し。

PXEブートのほうも明日試すことになるのでうまくいくかどうか楽しみ。

12/3 PXE boot

PXE boot＋ネットワークインストール＋キックスタートを組み合わせてクラスタ環境を構築する。
最後の難関（？）FTPdも陥落したので後はbootさせてキックスタートさせるのみ。

後でWikiにまとめるが、とりあえず要点をメモしておく。

・bootの流れ
BIOSからPXEが呼ばれてDHCPでアドレスを設定、同時にboot先のTFTP(≠FTP)サーバを調べる。
↓
TFTPでpxelinux.0vmlinuz、initrd.imgなどを拾ってネットワークboot。
このとき、キックスタート（***.ks）ファイルの位置や接続方法もdefaultファイルから読み込む。
ksはTFTPではなくHTTPかFTPで転送する必要がある←ここではまった
↓
Linuxインストーラがksファイルをうまく読めたらkickstart開始。
ksに設定したイメージ読み取り先にアクセスできれば後はOK。
このときのDVD/CDイメージもFTPで転送するので注意。

・注意事項
pxelinux.0というファイルはCentOS（RH系）独自。
debianではnetboot.tar.gzを用いる。
TFTPのルート以下のファイル配置も独特なので適宜distributionごとの設定を確認する必要がある。
CentOSでは、tftpのルート（今回は/var/lib/tftpboot）直下にinitrd.img、pxelinux.0、vmlinuzとフォルダpxelinux.cfgを配置し、pxelinux.cfg以下にloadするファイル名を記述する。
ここで一番ややこしいのは、PXEはまずpxelinux.0を読み込んで、これがpxelinux.cfg/defaultを読んでファイルのロードを行うのだがこのときのファイルの相対パスの基準がtftpのルートになっているということ。
なので、defaultでload initrd=initrd.imgなどとした場合、PXEが読みに行くフィアルは/var/lib/tftpboot/initrd.imgであって/var/lib/tftpboot/pxelinux.cfg/initrd.imgではない。

また、TFTPには認証やセキュリティという概念がないのでその点にも注意。
誤ってインストールすべきノード以外でPXEが走って暴発するのを避けるためにも、
普段はdaemonをストップしておくほうが安心だろう。最悪OSごと全滅するからだ。

DHCPdの設定ファイルに直接PXEが読みだすファイルのディレクトリを書き込む必要があるので、
市販のルータのおまけのDHCPを使おうとするとたぶん痛い目にあう。
DHCPはブロードキャストで早い者勝ちの曖昧なプロトコルなので、
スイッチの位置などを考慮すればルータ側のDHCPを止める必要はないらしいが、危ないので非推奨。

FTPサーバはvsFTPdを用いた。たしかにProFTPdよりも項目が少なくて設定しやすい。
今回の環境ではNFSやNISが連動していて危ないのでLocalユーザのFTP接続は完全に切ってある。
anonymous関連の設定はProよりVSのほうが数倍楽でわかりやすい。
もしユーザごとの細かい設定を要するならProFTPdを推薦するが、anonymousのみなら絶対vsFTPdだ。

vsFTPdのanonymousログイン時のルートディレクトリがよくわからなくて相当はまったが、
debianでは/etc/passwdのftpのホームディレクトリとなる。/etc/vsftpd.confでは変えられないので注意。

・その他
多少気持が悪いが、hosts.allowに何も書いていないのに外部からvsFTPdに接続できてしまう点。
TFTP（atftpd）なんかはクライアントも許可しないと接続できなかったのに気味が悪い。


クラスタに気を取られすぎてレイテンシカウンタが全くできていない・・・。

11/30 もうすぐ師走

SSTが無事動いた。原因は不明だったが、先生のご助力を得て無事に実行できた。
次はこれを用いてレイテンシ測定を行う予定。

今日はあまりにも目が痛くなったので帰宅します。

11/29 SVD

実アプリに近いものということで、マイクロベンチではSVD（SST）を用いることになったのだが、SSTの時間計測が何回やってもうまく働かない。
何か根本的な原因がありそうなので落ち着いて考える必要がありそう。

11/22 引越し

森田君とサーバルームの整備を行った。コンセントの配置なども最適化したので今後効果が表れそうだ。

負荷分散についてはタプルカウンタの負荷を計測した。
測定間隔を毎秒、0.5秒、0.1秒、0.01秒、0.001秒としてSink有りの状態で、
毎秒1000個のデータを供給し、topコマンドで計測ノードのCPU使用率を確認するということを行った。

結果的にはCPUは常に95%程度がアイドルで、タプルカウンタ部分の負荷はゼロと考えてよさそうだ。

11/17 Rocksを砕く

とうとうインストールできた。
詳細は以下の通り。
インターフェースが対話的なように見せかけて、まったく反応を返さないという酷い惨いシステム。
選択肢をミスると問答無用で返答がなくなるため、成功パターンを掴むまでが難しかった。


１．Rocks公式サイトのDVDイメージを焼く
（http://www.rocksclusters.org/wordpress/?page_id=107のDVDのほうをダウンロード）
（ftp://ftp.rocksclusters.org/pub/rocks/rocks-5.2/linux/area51+base+bio+ganglia+hpc+java+kernel+os+sge+web-server+xen-24.06.2009-06.00.03.i386.disk1.iso　これを焼く）

２．Etherが二つある無垢のPCにこれを放り込んでCD bootする
　　LANは二系統刺さないとインストーラが煩いので刺す
　　あとで設定変更する機会を与えられるので最初はDHCPでもよい

３．白い画面もしくは汚い食べ物の画面に「boot:」と出たら、
　　「boot : build」としてEnter
　　ビルドモードでCDから起動

４．ロールを選ぶ画面が出るので、まずはCD/DVDのボタンを押してからNEXTを押す
　　この順番を間違えると、ひたすら応答を返さなかったりリブートしたりする
　　Rocksをぶち壊したくなること間違いなし！

５．RollがNoneとしか書かれていない画面が出るはずなので、
　　Noneの部分のチェックボックスをONにしてSubmit

６．Submitが成功すると、追加Rollを選ぶ画面が出るのでまたCD/DVDのボタンをクリック
　　DVDが一度排出されるが何事もなくそれを戻し、今度こそ正しくDVDからRollを選択する

！！ここで欲張ってRollを選びすぎるとフリーズするので注意
　　base kernel os gangliaくらいにしておくと吉

７．あとは放置しておくと今度はLinuxのインストール画面や設定画面が出るが、
　　それくらいは普通わかると思うし他所に説明があるだろうから放置

８．うまくいけばCentOSが起動する
　　SSHもVNCも入ってるのであとは適当にやれる

クラスタのインストールまで進めたいが、今日は体力を使い果たしたのでここまで。

11/11 Rocks2

Rocksとは、システムをOSと一緒に丸ごとインストールして使用する代物だったようだ。
お陰でOSのインストールを行わないで済むが、その分さらにたちの悪い作業ができた。
松岡研にDVDを借りに行くのも面倒なので、私物を使ってどうにかすることにした。

今日のSystemS講習会はインストールに時間がかかりすぎてもったいなかった。
事前に公開鍵を渡してほしかった。無益な作業部分に時間を取られてしまい、疲れた。

自分の研究は全くもって進捗がないので、そろそろマイクロベンチに取り掛かる。

11/10 Rocks

RocksのマスタノードのOSインストールを試みたが敗れた。

まず、Apploには光学ドライブがついていない。しかも、5インチは電力が足りずに駆動できない。
しかも研究室にある薄型ドライブは全てCD-ROMのみ対応という悲惨な状態なのだ。

したがって、CentOS5.2のDVDメディアからのインストールは絶望的。
よってCDからBootしてNetwork Installを試したのだが、こちらも敢え無く断念。
イメージの取得中にエラーを起こしてストップしてしまう。

明日は別のミラーを使用して再試行するつもりだが、今日はもう嫌になったので諦める。


クラスタが動き出すまではまだ遠そう。

11/3 韓国初上陸

成田エクスプレスで悠々と成田に到着し、早々と搭乗手続きを済ませて飛行機へ。
20時40分着予定の飛行機だったが、何故か35分も早まって20時5分に金海国際空港に到着。
しかし、荷物がなかなか出てこないうえ空港から釜山駅までのバスが待てども待てども現れない。
ヘウンデ行きのリムジンバスは何本もやってくるのに、釜山行きは20分待っても来ない。
寒い・・・・。

30分は待ったかというあたりでYZ研のお二人がいらっしゃった。
お二人はヘウンデ付近のホテルなので方面は別だが、バスの乗り場は同じ。
立ち話をしているとようやく釜山行きが到着。
釜山まで約40分くらいか。帰りは余裕を持って出発しないと大変そう。

釜山駅から東横インを目指すが、よくよく考えたら地図を印刷し忘れていた。
仕方なく釜山駅のインフォメーションで行き先を尋ね、その通りに数分歩くと東横イン発見！

しかしチェックインしようとすると、何とここは別の東横インらしい・・・。
今度こそ正しい東横インを教えてもらい、ようやくチェックインを済ませて休めるように。
8時過ぎには韓国に着いていたのに、もう11時を回ってしまった。

夕飯はファミリーマートでキムチとキムチカップ麺とスナックを買った。日本より若干安い。
現在のウォンと円のレートだと、物価はだいたい7、8割程度ではなかろうか。
ただし味のほうも7割程度だった。

今日はもう寝て明日に備えます。

11/1 CBI

ポスターができそうでできない。英訳の作業も丸々残っている。
2日の21時までに完成させないとタダで印刷できなくなるのでヤバイ。

10/27 勘違い

ストリームを受け取るタイプのUDOPで陥った勘違いだが、一度ProcessInput0メソッドが実行されるとそれが終了するまではいくら待てどもtuple.get_XXX()の結果は常に同じものを返すということだ。
二度目のtupple.get_XXX()実行時には次のSDOからデータを受け取るとばかり思っていたので実行結果がおかしくなってしまっていた。

10/26 STCP

とりあえず負荷分散的なことを行えそうな気がするプログラムは完成した。
負荷情報をSource OPのサーバTCPで受け付けているが、
何故かスタンドアロンモードだと通信できるが、デーモンだとうまくいかない。

rootでlsof -i:PORT_NUMBERとすると、スタンドアロンではアプリが確認できるが、
デーモンを立ち上げた状態だとコマンドが反応を返さないのでやはりうまくいっていない模様。

うまくいったときの反応
COMMAND PID USER FD TYPE DEVICE SIZE NODE NAME
shedding 17153 matsuura 9u IPv4 3024160 TCP *:ddi-tcp-1 (LISTEN)

謎だ。

10/21 SPADEとTCP

stream foo = Source()["uri"]{}

uri部分をstcp://addr:portとするとTCPサーバ、
ctcp://addr:portとするとTCPクライアントとなる。

Rubyなどで直接これらにデータを与えるようなコードを書くような機会は多いと思うが、
System SではTCPで受け取ったデータの区切りを改行コードで判定しているようなのでそこは注意。

sock.write(ARGV[0])みたいなコードでstcpとやりとりすると、何度実行しても結果が反映されません。
改行コードがやってくるまでストリームを流さず、ひたすらデータをバッファして待ち受けているからです。

◎: sock.write(ARGV[0] + "\n")
×: sock.write(ARGV[0])

10/9 SPADE with Perl

今日は遅刻してしまった。
最近夜型になってしまったので再びインターンのときのような健康的な生活に改めたいです。

SPADEではプリプロセッサとしてPerlを利用できる。
ファイル名を.dpsから.dmmに変更すると、＜%　～　%＞で囲まれた部分はPerlで処理される。
（ブログの制約で、＜＞は本当は半角なのだが全角で書いている　10/26追記）

この場合、#define文や%1,%2...によるspadecへの引数が使えなくなるので要注意！
代わりに、＜%　$foo　=　$ARGV[0];　$var　=　$ARGV[1];　%＞とでもして、
Perlの変数に引数を渡すようにして解決しましょう。

Func0-0,Func0-1.....Func9-8,Func9-9というようなストリームを作る場合。

＜%　for($i　=　0;　$i　＜　10;　$i++){　%＞
　　＜%　for($j　=　0;　$j　＜　10;　$j++){　%＞
Func＜$=${i}."-"${j}%＞
　　＜%　}　%＞
＜%　}　%＞

とすればOK。「＜%=」は内部的には「＜%　print　」として評価される。

.dmmファイルは、内部では逆に＜%　%＞外の部分をprintしつつ＜%　%＞内の部分を実行させるようなPerlスクリプトに変換され、その生成結果を.dpsファイルとしていつもどおりにコンパイルを行うようになっている。
この処理は内部でspadecが勝手にやってくれるので、Makefileの.dpsという部分を.dmmに変えて、
いつものようにmakeするだけで.dmmファイルでPerlを利用することができる。
コンパイルがうまくいかない場合、途中生成された.dpsファイルを見ればどこがおかしいかはだいたいわかる。

ごく普通のPerlを実行しているので、複雑な演算や処理も可能。ただし、コードの可読性が著しく落ちる。

10/8 cpan

teslaにてcpanの設定を行い、モジュールをインストール。

・Encode //文字コード変換
・XML::FeedPP //RSS解析
・Net::Twitter //TwitterAPIのPerlバインド

この三つをインストールした。
今後、teslaでperlモジュールをインストールする場合は、
# perl -MCPAN -e shellで行ってください。

10/7 UDOP Tips1

UDOPでバイナリファイルを読み込むときの注意。

基本的に読み込みはprocessメソッドで行う。

ifstream in(<ファイルの絶対パス>);
ここは絶対パスな点に注意。UDOPはdataディレクトリなんぞ気にしません。

SPADEではByteListを使って読み込む場合、C++ではdlistとなるので注意。
このあたりの対応関係はマニュアルに記載されている。

ファイルから直接dlistへは書き込めないようなので、（>> などは使えなかった）
愚直にwhile文を使ってバッファに一度書き込んでから追記する。
dlistは内部ではvectorから継承されたものなので、push_backを使えばOK.。

まとめると、以下のようになる。

dlist buf;
unsigned char tmp;
ifstream in("FILE PATH");

while( in >> tmp)
buf.push_back(tmp);

これで、bufにファイルの内容が読み込まれる。
あとはoTuple.set_VAL(buf);とでもすれば、ストリームとしてバイナリを出力できる！

10/6 画像とSystem S

１．DSPSによる巨大データの転送実験
とりあえず、適当なテキストを読み込んで、その行数をカウントするプログラムを作成。
これは成功で、このプログラムに時間測定部分を付ければとりあえず計測は可能になる。

次は6MB程度の画像を作ってそれを転送してカウントする実験を行った。
しかし、画像が一枚の段階でもうまくカウントされない。
同様にテキストデータを作成してもうまくいかなかった。

２．環境整備
研究室内では二つのLANにまたがるノードを用いて計算環境に接続できるようにした。
これでルータを介さずアクセスできるので、寸断現象を抑えられると予想。
（今のところこの予想は正しかった模様　寸断現象は起きていない）
PowerEdge 650の二つのLANポートをそれぞれ111と112に接続することで実現している。
今のところ、111からのアクセスは全て許容し、112からは全て拒否するようになっている。
111からもssh以外は禁止にする予定。また、アカウントの管理が面倒なのでNISクライアントにすべきかも。
ゆくゆくはNFSのバックアップを行いたいので、ホームもNFSをマウントすべきか。
これは明日先生と相談することになりそう。

10/05 石井とミーティング

15時半より石井とミーティングを行う。

作業内容
・サーバ環境のセッティング
・SystemSの簡単な使い方の説明
・teslaへのMeCab、辞書、CPANモジュールのインストール

MeCabのインストールファイルなどは/rootに保管してある。
MeCabの動作を確認するため、teslaの文字コードはUS_UTF-8からJP_UTF-8に変更。
（/etc/sysconfig/i18nを書き直してreboot）

mecab, mecabのipa辞書,mecabのPerlモジュールのインストール
基本的にはtar.gzを展開してconfigure、make、make installでOK。
失敗した場合や消す場合は、make uninstallで一発。
IPAはUTF-8でインストールしたいので、コンフィグ時に./configure --with-charset=utf8を指定。
詳しくはmecabのページを参照するように。
perlモジュールの./test.plが動けば成功。

9/30 System S with streams cluster

UDOPロード老木君のおかげでマルチノードでSystem Sが動き出しました。
うまく動かなかった原因はiptablesによってポートがふさがれていたためでした。
/etc/init.d/iptables stop
でiptablesを停止させるとマルチノードで動作させられました。

現在vwapのプログラムを使って8ノードでの実行を確認しています。

9/28 NIS & NFS

不調だったstreams05も元に戻し、01から08まで全てでSystemS/NIS/NFSを動作させられました。

NFSはfstabに記述してあり、全てのノードでboot時に/nfs/home/以下がマウントされる。
NISは/etc/sysconfig/networkの記述が反映されないので手動でdomainnameとypbindを行う必要がある。
この二つさえ実行すれば、yppasswdなども正しく動作している。
SystemSはシングルノードでならうまく実行できるのだが、マルチノードでは失敗する。原因不明。


・debian + NISの注意点
ユーザの追加は必ずadduserで行うこと。これを行わないとNISのユーザが追加されない。
useraddを使うとユーザ名やypcat passwdには反映されるのに、yppasswdだけできないというハマリが発生する。

ユーザ追加後はcd /var/yp ; makeして/etc/init.d/nis restartすれば設定が反映される。
クライアント側でypcat passwdしてユーザが増えたことを確認、yppasswd でパスワードが正しく変更でき、そのユーザ名とパスワードでログインできることを確認したら完了！

9/22 NFS

色々怪しい部分を発見。

domainname,nisdomainname,ypdomainnameで表示されるドメインとはNISドメインらしい。
しかし、/etc/sysconfig/networkが反映されない・・・。

NISDOMAIN=name.of.nis.domain
START_YPBIND=yes
これを書き込めば起動時にNISサーバに接続できるはずだが、うまくいかない。

ただし、/etc/fstabでNFSのマウントは成功。

現在System Sのマルチノード使用のテスト中。

9/22 NIS

何が原因だったかよくわからないが、NISが稼働しだしました。

クライアント側の設定
/etc/yp.confにypserver 192.168.112.3を追加。
/etc/nsswitch.confの、
passwd: files
shadow: files
group: files
を
passwd: files nis
shadow: files nis
group: files nis
に変更。

そしてypbindし、ypwhichでサーバ名が表示され、
ypcat passwdなどが表示できれば成功。
その後yppasswdやログインができることも確認。

9/21 xds

xdsの正式名称：X-ray Detector Software

xdsのサイト
http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/

小西さんのプロジェクトのデータ
「計算世界観ＧＣＯＥ：平成２０年度研究プロジェクト報告」2009.3
http://compview.titech.ac.jp/office-pub/compview-project-report-2008/project-report-by-f-konishi

9/18 CUDA

CUDAやCULAが動かなくなった

↓

/etc/ld.so.conf.d/cuda.confというテキストを作成
中身は
/usr/local/cuda/lib64

↓

/sbin/ldconfを実行

するとうまくいった
しかし原因は謎のまま

9/10 Appro

Approはなかなか扱いが難しい。

１．フロント部分の電源がペリフェラル4ピンミニのみ（FDDに指す電源コネクタ）
２．フロント部分の電源では5インチCDドライブがスピンアップできない
３．フロント部分のPATA端子は指し方によって認識されない
４．PATA端子を使うならCPU側の蓋を開けてアクセスするほうが安全

CDブートには薄型CDドライブとPATA変換端子、4ピンのオスオス電源ケーブルが必要。

NECサーバの薄型CDドライブを奪ってCDブートまでは漕ぎ着けたが、途中でインストーラが固まる。
Debian 4.0r3？かr6？のイメージを使っていたので、今後はr8（最終版）を試す予定。

Solarisも手強いので、Sparcマシン用Debianをダウンロード中。
最初は面白かったが、いい加減基本のコマンドの書式まで違うので面倒になった。
面が白くなったり倒れたり大変だ。管理サーバはもうDebianで統一してしまいます。


新ネットワークのサーバの命名規則ができたので、研究室側ネットワークのほうも変更予定です。
nec→ezra、sparc→joshua、sun→samuel

9/2 ネットワーク

新しいネットワークを構築するために、コンパックノードとルータの設定を行った。
しかし、ルータの設定はかなり煩雑で難航中。
フィルタリングなど独自の書式のものが多くて覚えるのが大変。
外部へのアクセスは全て許可し、外部からのアクセスはSSHのみを許可すればいいんでしょうか。

ほとんど作業は進展しなかったが、明日起きられなさそうなので退散した。

8/28 スミス

C言語版のSWアルゴリズムの実装を発見しました。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/doxyhtml/smith__waterman_8c-source.html

先生の監修のもとで、StreamDNAの骨子もできてきたので頑張ります。

8/24

改訂版ToDo

StreamDNA
・アーキテクチャ図を作成する
・技術的にインパクトのあるような応用分野を探す（特にテーラーメイド医療）
・SWを動かす　適当なFASTA、チャレンジデータも併せて探す
・SeqEMUはすぐに終わらす

StreamWeb
・早めにSPADEの論文を読み、楽天提出用にまとめる

8/23 SeqEMU

まずは、以前のソケットプログラム演習のソースをいじってサーバとクライアントを作った。
サーバはSystem Sが稼動すると必要なくなるので最低限の機能のみ。
クライアントは、今後実験に必要な機能をどんどん追加していく予定。

＊サーバ　　　：ポートを開いて文字列を受け取って表示を繰り返す　それだけ
＊クライアント：アドレス、ポートを指定して文字列を送信する
＊追加予定の物：時間の間隔を指定し、自動でランダム文字列を送り続ける機能
　　　　　　　　時間の間隔と送信する文字列の対の列を入力し、それに従って送信を行う機能

＊入力ファイルの例
time,char
10, AGTTGCCT
12, GGATTC
20, CTCTAAGAA
8, ATTAGTCA
単位はたぶん秒でよいと思う。

実行してみた結果。まだクライアントは毎回文字列などを指定する必要がある。
＊＊＊＊サーバ＊＊＊＊
matsuura@suzumura-compaq:~/StreamDNA$ ./server.rb 8888
server is on 8888:0.0.0.0:0.0.0.0
AAGCGTAT
AAGCG
AAGCGTT
AAGCGT
AGCGT
TTAGCGT
TCCTAGCGT
./server.rb:14:in `accept': Interrupt
from ./server.rb:14
matsuura@suzumura-compaq:~/StreamDNA$

＊＊＊クライアント＊＊＊
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGTAT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGTAT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCG
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGTT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AAGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 AGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 TTAGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$ ./client.rb 192.168.111.230 8888 TCCTAGCGT
matsuura@ubuntu-vm:~/StreamDNA$

まずはクライアントの自動化を実装するつもり。
FASTAファイルやSWのCPUでの実行も早めに行いたい。

8/21 CUBLAS

FASTAファイルを探したが、よくわからなかったのでCUBLASを触ってみた。
松岡研の丸山さんのサンプルプログラムsimpleCUBLAS.cをコンパイルした。
コンパイルオプションがややこしいのでここにメモしておきます。

$gcc simpleCUBLAS.c -lcublas -L/usr/local/cuda/lib -I/usr/local/cuda/include

-l, -L, -Iがないとコンパイルエラーが起きる。
"/usr/local/cuda"の部分は、NVIDIAのドライバをインストールしたディレクトリなので、環境依存。
鈴村研の環境では、上記のディレクトリにライブラリファイルとインクルードファイルがあります。

8/20 ToDo

研究環境整備
1.RHELアカデミックをダウンロード、TESLAノードにインストール
2.松岡先生のサーバの消費電力、HDDの拡張性、筺体サイズを調べる
3.上記マシンを9Fサーバルームに設置できるか野呂さんに伺う（電源面、容積面）
（4.PS3にRHEL or CentOSを再インストール）

StreamDNA
1.東君からもらったログを解析して画像の出力タイミングをまとめる＜目標9月上旬＞
2.上記データを元に、シーケンサエミュレータ（仮称 SeqEmuもしくはUSOLiD）作成＜目標九月下旬＞
3.Syetem S上でのCPU版SWの実行環境を作り、SeqEmuと連動させて評価＜目標工大祭まで＞
　特に、3での評価内容はポスターを作成してRECOMBに提出したり工大祭で展示したりしたい。
　CPU版ストリームSWは、今後GPU版との比較対象となるので詳細に実験を行う必要がある。
　UDOP+GPUは森田君と老木君が先行して研究してくれるそうなので、まずはUSOLiDの開発に勤しむ。
　研究は早い者勝ちなので、目標はあくまでも最悪の場合の目安とし、なるべく素早く成果を出す。

TRLインターン
1.同意書作成
2.衣類の確保（ビジネスカジュアル　他のインターン生より真面目な学生に見えるように！）
3.UDOPのためのC++の勉強　老木君がかなりのデータを蓄積しているそうなので、教えていただく

その他
小長谷先生の「どの」マシンを「いつまで」使用できるのかを調べる。
DNS、SAMBAがなくなるようならば早急に仮マシンを整備する必要がある。

8/18院試

一ヶ月以上の間、院試対策の勉強をしてきましたが、勉強した内容の九割近くが無駄でした。
自分の想像力と学力では、仮に一年勉強したとしても今回の出題内容をカバーすることは不可能でしょう。
研究室に残れる可能性も非常に低いです。北の国に旅に出たい気分です。

8/17前日

いよいよ明日です。頑張ります。

以前からことあるごとに不揮発性次世代メモリの話が出てきますが、なかなか実用化されないので残念です。
メインメモリが不揮発化すると、OS・ミドルウェア・ソフトウェア全てのパラダイムが変わってしまうそうですが、
まだ現物も出てこないし具体的な応用例も出てこないので実感がつかめません。
ただ、なんとなく今までにはない新しい使い方が出てきそうな気がします。
DSMS関連でも、それ以外の分野でも色々ビジネスチャンスがありそうですが、どうなんでしょう。

8/13

無事帰還しました。明日研究環境の再起動を行います。

8/5 発熱

月曜の早朝から40度近くの高熱が続いて、今朝方ようやく快方に向かいました。
38度までは何とか行動できるのですが、39度を越えると途端に動きが取れなくなって困りました。
自販機に行くのも重労働なので水分を取るのもひと苦労でした。

ひたすらベッドで寝てばかりいたので体温を測るくらいしか気を紛らわす方法がなかったのですが、
どうせなら測定時刻と解熱剤の摂取時刻と一緒にどこかに記録しておけばよかったです。

CPUが熱暴走したりトランジスタが熱破壊を起こす気持ちが少しはわかったような気がしました。
シリコンは物理的に温度を下げればいいだけなので、問題の難易度に歴然とした差はありますが。

先週佐藤さんがおっしゃっていた、自律フィードバック制御システムが非常に気になっています。
全ての技術が進歩し続ける、または十分進歩するという前提を立てると、
コーディングや制御の自動化はいずれ必要不可欠なものになると容易に想像がつきます。
果てしてその時、コンピュータはこれまでのような信頼性を保てるのかというのが懸念です。
（信頼性とは、故障やデータの一貫性管理のミスではないような本質的な計算の非一致と考えてください）
（人間の、昨日は肉が食べたかったが今日になっていきなり野菜が食べたくなる、というようなやつです）
かなり抽象的で直観的な話ですが、そのとき機械は人間的な不確定性を持ち得るような気がします。

7/24

院試勉強はひと段落したが、そろそろ文系レポートの締切が迫っております。
あと二週間以内にレポートを書かないと後期が不安なので頑張らないといけません。


Google OSはx86とArmで出るみたいですが、Armをサポートするなら必ずDS（主にDSi）をサポートするべきです。
タッチパネル、外部メモリ（SD）を備えた同等機能のデバイスでDSより安いものはありません。
元々DSiのコンセプトにダウンロードプレイがあるのもポイントが高い。
すでに任天堂がWebブラウザを無償で公開しているので、Chrome準拠のものを配布するのも容易でしょう。
うまくいけば、英語漬け目当てでDSを買ったおじさん世代が飛びついてくれると思います。
欠点は画素数の少なさですが、そこは今後のPSPとの戦いで改善されることを期待します。

正直x86のシンクライアントは確実に流行らないと思います。特にWindows搭載のものは。
Windowsのロゴを見ると、ユーザは条件反射でExcelやFlashなどのリッチな機能を期待します。
Youtubeがコマ送りになってしまってはどんなユーザも見向きはしないでしょう。
どちらかというとこれは動画再生支援のソフトとハードの問題ですが、現行・次世代のAtomではほぼ不可能です。
そして、x86はIntelが存在し続ける限り安価にならないしクローズドです。
Armと対抗している間は多少は廉売をするでしょうが、Armが潰れたらそれこそ世界の終わりが来ます。
Intelとはそういう会社だと思います。

個人的にはArmベースの廉価である程度の自由度が保たれた、Zaurusのようなデバイスの再来を期待しています。

7/21その日暮らし

院試勉強ばかりしていて気がついたら二週間もブログを放置していました
森田君同様院試の過去問の答えもほしいですが、さらに言えば各問題の配点か採点方法を知りたいです
選択式なので、自分が得意とする分野がいきなり難問になった場合の配慮の有無が気になります
標準偏差などを取って、うまく配分してくれるようだと嬉しいのですが・・・

7/2

昨日のABI（Life Technology?）とIBM箱崎事業所を訪れた。
ABIではSOLiDの詳細を教えていただけ、今後の研究課題などもだいぶ見えてきたと思う。

箱崎はコーヒーが安くてびっくりした。
研究と営業のカラーの違いも垣間見れた。
コンサルのデスクはフラットすぎて気を遣いそうだ。

今日はテクノルネサンスの説明会に行ったが、各企業のプレゼンがなかなか参考になった。
よいプレゼンの見せ方というのは実際に色々見ていかないと学べないものだと思う。

StreamDNA関係のprojectが色々派生してきたので慌しいですが頑張ります。

6/29院試前発表

4月から6月までのまとめの発表が終わった。あとは7/6のゼミで前期はラスト。
発表は今までにしてはうまくできたほうだったのでよかった。
負荷分散についてはまだアイデアがありそうなので、もう少し考えようと思っている。

Solarisの再インストールも終わったので、SSHとSamba、Quota、Rsync、Cronの設定をしなければ。
PS3のダウングレード+Lanの設定、開発環境の整備も必要。

6/27TESLAメモ

一般ユーザがTESLAでGPUを使えない件の解決策を発見！
$chmod 666 /dev/nv*
これでアクセス権限を追加すればよいらしい。

6/26TESLA

とうとうサイコムのAMDマシンが到着しました。
Memtestも無事クリアし、TESLAの凶悪な消費電力にもへこたれず、現在無事に稼働しています。
CentOSはDVDISOのダウンロードがうまくいかなかったり、トレントで皆さんにご迷惑をかけたり、DVD-Rがうまく焼けずにブーメランを量産したりでなかなか苦労しましたが、七転び八起きでようやくインストールに漕ぎつけました。

CentOSインストール後の作業は比較的容易で、CUDAのSDKダウンロードサイトのダウンロード方法に多少手間取った以外はすんなり開発環境を構築できました。
ソフトウェアの対応状況がLinuxではRHELやFedora,Debian,Ubuntuしかなく、人事は尽くしたので天命を待つ思いでRHEL版を試してみました。
インストーラにRHELと表示されるものの、インストール行程では一度も躓くことなく恙無くインストールも終了し、伊達に互換OSを名乗ってはおらぬと感心しました。この調子でSystem Sもバリバリ動かしてくれるとありがたいですね。

CUDAインストールの注意点としては、１．NVIDIA推奨のソフト導入順番を守ること、２．インストール前にGCC/G++のVer.4.1以上を導入しておくこと、３．/etc/ld.so.confに"/usr/local/cuda/lib/"という行を追加して/sbin/ldconfigを行うこと、/usr/local/cuda/binに実行PATHを通すこと、が挙げられます。
１と２と４は言わずもがなだが、３はコンパイルが成功後にエラーが出たのでかなり焦った。

無事これらの作業を終えると、晴れてGPGPUの世界へ旅立てるわけだが、何故か現時点ではrootでないとバイナリを実行してもGPUでの計算が行われません。どこかの関連ファイルのPermissionがroot onlyになっているみたいで、また原因追究を行っておきますので、現時点ではコンパイル＋実行はルート権限で行うようにしてください。
ノードのIPは160、suzumura-teslaとしてあります。

クラウド研究会

先生方は否定的だったが、PHPでのDHTの研究がやはり一番興味をひかれた。
現代人は何かしら情報を発信したがっているし、このようなサービスには潜在的需要があると思う。
これはblogやニ○ニ○動画などを見れば一目瞭然だと思う。Picasaのような共有サービスも流行っている。
同様の観点で、今回少し話に出ていたOpera Uniteにも今後が期待されます。
いかに双方向的なサービスを簡単・安全に一般ユーザに使ってもらうかが今後の鍵でしょう。

蛇足だが、喰人→くいじん→cuisineという店があったが、
くいじんが許されるなら喰人→くらうど→cloudでも大丈夫な気がする。

6/25院試

ようやく院試の出願を終わらせられた。
あとは来週月曜の発表さえこなせれば、勉強すればよいだけの日々がはじまる。
せっかく手入れしたサーバをみすみす手放すのも癪なので、頑張ります。

某インターネット企業

自社ビルをまるごと持っているとは知らず、大変驚かされた。
エンジニアと研究者の間の話など、裏話的なものも聞けて面白かった。

スクリプト言語の簡単さと大変さもわかったが、
ここをうまく活用するのもミドルウェアの仕事かもしれない。
たとえば、アルゴリズムはRubyで書いて実行はGPGPUに変換できるようにするなど。

昨日の回線断裂は、ファームアップ後のリブート失敗のせいだったようだ。
ルータを再起動したら復活した。

6/16 PS3

PS3用のFedoraのISOイメージを昨日のうちに行ったのはいいが、今日確認したらダウンロードが失敗していた。
wgetではダメだったのかもしれない。

6/8 Solaris

Fire V210へのSolarisのインストールが完了した。
現在、三人分の保存スペースが確保されています。
まだバックアップ機構が働いていないので、こちらのスペースはあまり信用しないでください。
今月中にはquotaとcronの設定を済ませて移行を完了させる予定です。

今まで散々苦労させられた分、インストーラが起動したときはなかなか感慨深かったです。

課題発表も今度は一応自力で終えられたのでよかった。

6/7英語

今日一日で15ページ分も要約できた。一応軽くは読んであったが、文章は全く作っていなかったので個人的には驚異的なペースだった。実働時間も5時間くらいだったので一ヶ月前と比べるとかなり進歩したと思う。この調子でTOEICの点やスピーチもうまくなってくれると嬉しい。

要約をしている間にSolarisのダウンロードが終了したので、インストールするのが楽しみ。

6/7完全勝利

とうとうSun Fire V210のルートパスワードをゲットしました。
ここまでくればこっちのもんです。煮るなり焼くなり再インストールするなり好き勝手できます。

久々に気分がいいです。セカンダリDNSサーバを構築したいです。

追記：
そういえば、名称不明のSunのサーバの本名も判明した。
Fire V60xらしい。xはXeonのxっぽい。
http://jp.sun.com/products/servers/entry/v60x/

6/6実験機

コンドアのあまり二台を実験用に。
ネットワークを繋ぎ変えてdebian 4.0r6をインストールした。

suzumura-n007, suzumura-n008として起動中。
IPはそれぞれ157と158。

いつものやつでログインできます。


そういえば、学生室のネットワークはGbEなのにサーバルームのネットワークは全部100Mbitなので気になった。

6/3秋葉原

・買い物
×　Sunのフレームバッファ見つけられず
×　M/B、電源は見送り
○　RJ-45・DB-9変換コネクタ購入　￥525 * 1
○　4pin-6pin変換コネクタ2個購入　￥50 * 2

早速Fire V210にシリアルで接続し、ALOMプロンプトの表示までは成功したがパスワードがわからず中断。
明日里城さんか小長谷先生に伺うことに。

電源変換コネクタでTESLAの起動実験を行おうとしたが、研究室にある電源は4pinが二つしかないので実験できなかった。

M/Bメモ
Intel SE7525GP2
SIZE: ATX
Chip: Intel E7525
CPU: Dual Xeon (Socket 604 Nocona)
Mem: DDR SDRAM PC2700 * 3 Slots
VGA: Rage XL VRAM 8MB onboard
PCIe: x16 * 1, x4 * 1
ottoにて中古￥3,000

Biostar P4M900-M4
SIZE: MicroATX
Chip: VIA P4M900
CPU: Pentium 4 (Socket 478 Northwood, Prescott)
Mem: DDR2 SDRAM * 2 Slots (ECC, Reg)
VGA: Chip Set
PCIe: x16 * 1, x1 * 1
アキバeコネクトにて新品￥5,800

メモ：
Xeonにする場合、SunのサーバよりCPUを奪うことになる。
今のSun Dual Xeonサーバの筐体にはTESLAは納まらない。
電源もたぶん使いまわせない。
CPUはNoconaまでアップグレードできる。メモリ搭載量の上限も高い。
中古なので保証がいまいち。
Sunではsambaが動いているのでまた別にサーバが必要になる。
（SunもこちらもSingle CPUで動かすという手がないわけではない）

Biostarにする場合、電源・筐体以外にDDR2メモリも必要になる。
CPUは新規購入する必要はないが、アップグレードパスは非常に限られる。Memoryも。
性能が低い割にはお金がかかるが、新品なので保証は受けられる。

その他の選択肢もあるが、新古問わず何かPCを買ったとしても電源の交換は確実に必要。
筐体は研究室に転がっているPenitumIIかPentiumIIIのものを使うことも可能。

5/29ゼミ

今日のゼミも割合サクっと終わったのでよかった。
オイキさんの発表はsendfileまで実装してあり、性能評価もしてあったので驚いた。
Webサーバの評価ではCPU負荷を100%にしなければならないというのも面白かった。

rsyncとtarのスクリプトは完成したが、crondの設定までは終わらせられなかったので残念。
明日本番後に時間があれば設定しに行きたい。

5/28その後

数時間くらい課題発表に費やした。
週末が満タンなので、要約も先取りして進めないといけないので大変だ。

5/28中間報告

samba
suzumura-sunのsambaの設定を見直して正しく使える状態まで仕上げられました。
今のところ、suzumura/morita/matsuuraの三人のユーザと共有ディレクトリ一つがアクセス可能な状態になっています。
個人名のフォルダは/home/のフォルダで、passで制限がかかっています。
quotaによるディスク制限は一人1GBまで、共有ディレクトリは2GBまでにしてあります。
cronによって自動バックアップも行う予定です。

5/27 SIMD,DNS

float版行列積のSIMD化に成功！
SSE命令を使って4つのfloatを並列で掛け算します。
SSE3、SSE4はsunサーバの対応状況が怪しいので平行演算は諦めましたが、それでも速いです。
あまりに簡単に速くなったので感激しました。最大5倍の速度が出ています。

DNSについても、設定をやり直したらすぐに動き出しました。
nslookupで***.sc.cs.titech.ac.jpとIPの正引き・逆引きができるところまで確認しました。
SSHでもうまくアクセスできたので大成功です。
研究室のネットワーク内ならばhttp://suzumura-nec.sc.cs.titech.ac.jp/で小長谷先生のWikiにもアクセスできます。
Windowsマシンなら
「ローカルエリア接続のプロパティ」→「インターネットプロトコル」のプロパティ→「次のDNSサーバーのアドレスを使う」→優先DNSサーバー「192.168.111.101」
とすれば研究室内のDNSサーバを使えるようになります。
余力があれば代替DNSサーバーも用意したいですが、ちょうどいいマシンがないので考え中です。
NFS or SAMBAもこの調子で準備します。

久しぶりに

5/26研究室訪問

今日は朝まで寝付けなかったせいで昼からしか活動できなかった。失敗。

研究室では先生に黒川先生のお話や今後の研究の方針を伺い、松岡先生の研究室とGSICを訪れた。

要約と課題発表のデータ取りも大体終わったので、明日もこの調子で作業に取り掛かりたい。


Memo:三好さんにTeslaの型番やいただける個数、推奨電源を聞く
　　　電源購入用にネット通販のあたりををつける

5/25今日の作業

進捗報告でJavaモンテカルロのチェックをした。
その後出かけた後研究室に戻って要約の続きを。
4時間くらいで8ページくらい進められたので満足。

明日は残りの訳と、性能測定を行ってPowerPointをまとめる予定。
余力があればNFSかSambaの設定を行いたい。

5/21smb dns

Sambaを設定しようとして失敗し、DNSを構築しようとして失敗した。
敗北続きだ。
これを機に、NecのサーバをDebianに入れなおして名前をsuzumura-necに変更した。
このほうがわかりやすい・・・気がする。

sunにJavaをインストールできたので、こちらで実行したら4スレッドまでは加速が確認できた。
ただし、こちらのVersionはsun-java5-jdkなので少し気になる。

今日はsambaとDNSにやられたので疲れた。

昨日のこと

ゼミがすんなり終わったので嬉しかった。
少しは力がついてきたような気がした。

System Sの話では、データの間引きの話が面白かった。

Javaでは一応時間の計測を行えるようにしたが、森田君同様スレッド数を変えても変化がない・・・。

発注したカップめんも音沙汰がないので気になる。
ただ、9階入り口の先生の表札が綺麗になっていたのでそれはよかった。

5/19JavaJava

夜に研究室で作業をしていたら先生がいらっしゃってJavaを手伝っていただいた。
昨日の配列で参照渡しを行う方法はJavaらしくないという理由で没になった。

代わりにResultクラスを作ってオブジェクトの参照渡しにした。
これだと配列の値以外も渡したい場合など、拡張性が大幅に増すとのことだった。

Object指向は難解だ。
（未だに実行速度だけなら最初の方針のほうが速いような気がする）

5/18Java

Javaが苦手な理由がわかった。
C言語やSchemeと同じ機能でも、メソッドやインスタンスのようなヘンな名前を独自につけているからだ。
そのせいで、余分な言葉を覚える必要が出てきて疲れるからJavaが苦手なのだと思う。

一次の変数では参照渡しができないので、モンテカルロ法を計算するスレッドには配列を渡さなければならないようだ。
昨日はそれでかなり苦しめられた。
今まさにいいアイデアを思いついたのでメモしておく。

//nは計算回数,tはスレッド数
j = n / t;
k = n % t;
a[2] = {0,j};
//a[]をそれぞれのスレッドに託す
//参照先で円の内側に入るたびにa[0]++
//kは少ないのk回分はメインスレッドで消し去ってa[0]に足す
//もしくはkの分はrun()を通常の方法で呼び出して実行

Cのほうが楽。

5/12

今日は朝から来るつもりだったが起きられなかった。
最近の体調の乱れは、起床の遅さに起因する食事回数の減少によるものだと考えられる。
改善の余地あり。

演習の行列積を求めるプログラムをCで作った。
まだシングルスレッド動作なので、次からマルチスレッド化に取り組みたい。

ゼミの要約は一応終わったが、なかなかえぐい作業だった。
疲れた。

5/11初の成果報告会

今日は10時から成果報告。森田君は英語の発表だったので驚いた。
自分も次は英語に挑戦したいと思う。
プレゼンの形式にまだ慣れていなかったが、一応一通りの発表を終えることができたのでとても安心した。
しかし、明後日には恐怖のゼミが待ち受けているのでまだまだ油断は禁物だ。

発表では研究の背景や関連研究などの書き方や、その意義を学べたのでよかった。
バックアップの存在や、その量の多さには驚かされた。
学会でボコボコにされないためにはそれくらいの準備が必要なのだと思った。

今日は目標としていたところまでゼミの要約ができたのでよかった。
4時間の作業で6ページくらい進めたので実行効率はよかったが、1時間作業するたびに30分以上の休憩をしてしまったので全体では6時間もかかってしまっている。総計すると1p1時間・・・・。
改善の余地が多々あると思う。

休日出勤

最近休日のほうが研究室にいる気がする。昨日はtcpreenの使い方を探ったりJavaのコードを書いたりし、今日はPowerPointを作って要約の続きを行った。
三時間半くらいでも5ページ程度しか訳せなかったので、明日も結構頑張らないと終わらなさそう。
tcpreenの使い方はたぶん-sオプションを使うのではないかということくらいしかわからなかった。

連休最終日

昨日研究室にカップめんが入荷されました。

今日は演習課題を多少進めましたが、まだまだJavaにやられっぱなしです。
ローカル内ではそろそろ動きそうな見通しがたってきたので、ゼミの要約と並行して作業を続けたいです。

帰還

山梨から無事帰ってきました。
ワイナリーと醸造所では日本人の職人気質というか、心意気のようなものを感じた。
やはり食べ物は土地に根差したものなので、その土地独自の性格がお酒にも現れるそうです。

三日間遊んだ分、休みの残りは課題の完成に費やします。

GW

明日は演奏会を聴きにいき、明後日と明々後日は山梨に呑みにいきます。
電車の移動時間が長いので、その隙にゼミ資料を読んだり松岡先生の記事を読む予定です。

ワインかウイスキーを買って帰ろうと思っていますが、どちらかお好みのものがあればコメントに書いてください。

じゃば

昨日のJavaのエラーはpackageを指定しなかったのがダメだった模様。
先生に診ていただいたら一瞬で問題解決できたので感動した。

やはりJavaよりCのほうが性に合っていると感じるが、そうも言っていられないので頑張ります。

ゼミは大変だった

今日は久々に疲れました。
未知の何かを調べて誰かに説明するというのは本当に体力のいることだと痛感しました。
次回分は、もっと効率よく必要な部分を掘り下げて訳せるように取り組みたいです。

その他の作業として、不要なPCの部品取りと破棄の準備をした。
プリンタが挙動不審だったがDHCPの設定がそのまま残っていたせいだったようで復活した。
困ったときはドライバを入れ直すのも効果的のようだ。

リピータハブのケースをいただいたので今度これで何か回路を組もうと考えています。
サイズ的にはギターのディストーションやブースターなんかがちょうどいいかも。
もしくは、LAN付きのH8でPOP3を待ち受けてメール通知なんかをやらせると面白そう。

挫折

課題のJavaに取り掛かったのだが、java.net.*やjava.io.*でエラーが発生。
原因もわからないので今日は諦めて帰ることに。

Sunのほうは大幅に進展があった。
起動させなくても電源とつなぐだけで動作するALOMというものが動いているらしい。
これにアクセスするにはSIRIAL MGTという端子にLAN（RJ-45）とシリアル（DB-9）を相互に接続するケーブルを繋げばよさそう。
シリアル通信時の設定もわかったので、あとはケーブルを買うか作るか借りるかしてALOMと通信すればよさそうだ。

昨日と今日

昨日の後半は、ひたすら本を訳しました。
今まで一日一ページくらいのペースでしたが、昨日は集中できて半日で6ページ以上終わらせられました。
しかし、これを毎日続けるのは大変かも。
あと書き忘れていたが、LavieのDebian化と無線接続も完了。
ndiswrapperはなかなか難しく、完全なドキュメントを見つけれていなかったら大変だった。

今日はテキストデータからTexのフォーマットに移してPDFを作った。
今からシリアルコンソールでSun Sparcを覗いてみる予定。

前半戦

11時～13時くらい
・TeXはdviファイルまでは日本語にできた
・Sun XeonはDebian 4.0になった　SSHで接続まで確認
・Sun Sparcは解体して机上に放置中

TeXはまた暗礁に乗り上げた。
Debianは最小構成でNFSしか組まない予定。
Sparcに関してはビデオカードXVR-100,XVR-500,XVR-600,PGX64のどれかを用意するか、
FDDを接続するかサーバを用意してJumpStartインストールを行うかのどちらかで復活しそう。
ただしFDDはコネクタが存在せず、インストール用サーバは設定が激しく複雑そう。
ビデオカードは最安で1000円程度。今度アキバで探すか。
（参考オークション：http://search.auctions.yahoo.co.jp/search/auc?p=PGX64&auccat=0）

元obiグリッドのマシン二台はボタン電池の消耗が疑われるのでこれも買わなくてはいけない。
電池を換えても起動しなかった場合は部品取り→破棄するしかなさそう。

追記

ToDoの一番手にTeXとEmacsを忘れていた。

今日の演習では「難しいアーキテクチャほどミドルウェアを作る意味がある」という話が面白かった。
確かに、ピーキーで扱いづらい製品に対して効率的なプラットフォームを提供するほうが意義深いと思う。

ToDo

松浦
・Sun Xeon（Xeon）マシンへのDebian 4.0のインストール
・XeonでNFS
・Sun Fire V210の解析

森田君
・suzumura-necserver(NEC)でDNS、NIS、SVN

優先順位はDNS、NFS、SVNの順番。
NISは来年までにできればいい。

今日の活動

・LavieへのDebianのインストールが完了！
・suzumura-serverからsuzumura-necserverへのWikiの移転が完了

無名デスクトップ二台の復旧に失敗。
もしかしたら電池が切れているのかもしれない。
佐藤さんと三好さんにも協力していただいたが、今のところ原因不明。

Debian

今日は（今日も？）楽器の練習をしに大学に行った。
家のパソコンで本の要約をするとついつい遊んでしまいがちなので、
試しに研究室でやってみたらかなり捗ったので、次からは家でやらないことにした。

LavieにUbuntuのインストールを試みたが、途中でashが現れてストップ。
仕方がないので本家Debianのネットワークインストールをしてみると、
無事ベースシステムのインストールができた。
時間がなかったので最後まで設定を終えられずに強制終了したが、この分だと復活させられそう。
本当は安定しているVer.4を入れたかったが、ISOを探せなかったのでVer.5になった。

コマンドラインでCD-Rを焼く方法やベリファイの方法もついでに学べたのでよかった。

4/24の活動

昨日は前半というタイトルを使っておきながら、その後大したことを行わなかったので後半を書けなかった。

今日は森田君にLavie用のUbuntuをダウンロードしてもらったが、CDがうまく焼けずに断念した。
たぶん長年放置されたCD-Rだから劣化してしまっていたのだと思う。

CompaqのACアダプタを吉瀬研の佐藤さんが見つけてくださったのでコンパックも復活。
但しBIOS画面に何故か入れなかったので今後の研究が必要。

課題1のC言語がほぼ終了！
argvもうまく動作し、Sendとrecvも一応使えるようになった。
あとは異なるホスト上での動作を検証し、Javaへ移りたいと思う。


最近本を読んでもちゃんと訳を残していないので、そろそろちゃんと文章化したい。

4/23の活動前半

活動内容

・ゴミ捨て
・IBM jamに登録、投稿を行った
・大学院の志望調査に登録
・履修申告を仮登録
・GPUの講義を申し込んだ

引き続き、研究室で作業を続けます。

民間営利企業における研究所の役割

企業の開発は2,3年単位での企画が中心と聞きます。
逆に、大学や研究機関での研究活動は10年から数十年、場合によっては今後利益を生むかどうかすらわからないような研究が主体であるように感じる。これは東工大やその他の大学の研究室を見て実際に思ったことです。
企業の研究所は、その間を埋める役割を果たしているように思われる。

また、短期的な開発ばかりを行っていると既存の技術の改良ばかりが主流になってしまい、技術や社会に大きな変革が起きた場合に対処することができなくなってしまう。
例えば、馬車と自動車、ポケベルとPHS、PHSと携帯電話などがこの関係に当てはまる。
どの場合も、既存の企業は新興の技術に乗り遅れて少なくとも元々の業界からは追い出されてしまっている。
（ウィルコムは一応電話機事業も残っているが、データ通信が主流のためこれに該当する）
このような事態にも柔軟に対応するためにも、5年から10年単位での先を見越した、ある意味即利益につながるわけではないような研究も企業では行わなくてはならないのだと思う。

4/20今日の活動

部屋の片付けを多少行い、要約をし、プログラムの課題を少し進めました。
定型文をほとんどコピーしただけですが、Port 8888でのHelloの送受信はできました。
次はIPアドレスを設定してネットワーク越しでの接続も確認するつもりです。

今日の一番の成果としては、Pukiwikiの完全コピーに成功したことです。
これでネットワーク内ならhttp://192.168.111.11/pukiwiki-1.4.7_notb/で小長谷先生のWikiのコピーを閲覧することができます。

ネットワークを使った演習のために、PowerEdge750二つ（Condor以外の二台）を鈴村研のネットワークに移設しようかどうか迷っています。
何かご意見があればコメント欄にお願いします。

4/16の補足

Condorは、小長谷先生が医科歯科からVPNでアクセスできるのが望ましいそうです。
VPNルータが二台あるが、使い方もVPN自体もよくわからないので大変そう。

昨日本が届いたので今日は要約に集中する予定です。
できれば日曜には今回の割り当てを終わらせたいです。

4/16リベンジ！

できた

• EclipseのJava
• EclipseのC/C++
• Eclipseの日本語化
• サーバ室の整理
• NEC、Obi、Sunのsuzumuraネットワークへの物理的移動
• NECのセットアップ
• 小長谷先生に色々教わる

後ろ三つは森田君がブログやWikiに書いてくれたので省略。

今日は小長谷先生にお話を伺った後Eclipseと再戦。（10:30-17:30）
昨晩調べた甲斐もあり、無事日本語化とJava/C開発環境の整備が完了。
Subversionは使い方もよくわからないし、サーバのほうも怪しいので保留。
できれば先生に見ていただきたいと思っています。

UbuntuではEclipseの罠があることが発覚！
単純にapt-getするとルート権限やJavaのバージョンのせいでプラグイン導入時にハマる模様。
JavaはSunの1.6を自分でaptして、Eclipseは手動で導入すべきらしい。
それも、ユーザ権限でユーザのhomeにファイルを解凍しないと昨日の惨事が起こるようだ。

サーバ室ではHubをCondor関連とそれ以外に分けて、片方のHubをsuzumuraネットに移しました。
それに伴い、不必要なルータやHub、配線を取り除いて電源や配線をきれいにまとめ直しました。

18時からはオケの練習に参加して、夕食後は夜まで練習した。
明日は家で本の訳に集中する予定。

4/15心折れました

できた

• ubuntuをレッツにインストール
• ubuntuにEclipseをインストール
• LavieにCompaqのHDDを移し変えて起動を確認

できない

• Eclipseの日本語化
• CDTのプラグインのインストール
• Subversionのプラグインのインストール

できなかったことがかなり致命的。今後の作業の進行に影響大。

長時間作業したにも関わらず、ほとんど何もできなかった。

明日は小長谷先生にマシンや本のことを伺う予定。

開発環境整備にも尽力します。

4/14今日の活動

できた

• AirStationと外部の接続が完了（鈴村研のネットワークから外部に接続可能に！）
• 無線LANでのアクセスが可能になった
• ハブを使って学生室のネットワークを構築した
• 床を掘ってsuzumura-serverのための電源を確保した
• suzumura-serverを常時稼動が開始した
• RICOHのプリンタを使える状態にした（設定方法はWiki参照　これが今日一番の成果）

できない

• VMwareへのUbuntuのインストール
• Condorの鈴村ネットワークへの移行（木曜に許可を得る予定）

サーバ室のcondorクラスタ自体の配線は割と素直だったので許可さえあればすぐにでもできそう。

ただしIPの割り当てが多少面倒かもしれない。

今日の雑感など
今日は先日までの課題だった項目をかなり消化できたので大変達成感があった。
しかも研究室での実作業時間も四時間程度で滞在時間も六時間だったので、時間対効果も超高い。
これからは時間の使い方も考えながら作業を行うように心がけたい。

明日への課題
レッツにUbuntu＋Eclipseを入れてSubversionの動作を早く確認したい。
そしてゼミ用のネットワークプログラミングの課題に取り掛からなくては。
DisSysの要約も日曜日から全く手をつけていないのでこれも懸念。（但し本は注文した　Amazon）

18日にViolaのレッスンがあるので今日はしっかり練習してから帰る予定。

所信表明

今年度の目標

• 卒論をちゃんと出す
• 院試に受かる
• TOEIC730点を越える
• 苦手意識をなくして何でも挑戦する（特にJava）
• 規則正しい生活を送る（8-9時には起きる）

一年後には企業に入っても活躍できるくらいまで自分を高めたい。
知識や経験はもちろんだが、チームワークやリーダーシップも重要だと思うので、
勉強に限らず様々な事柄を通して一年間を充実したものにしていきたい。

H.21 4/14

4/13夜の活動

今日は先生と三好さんと首藤さんと鈴村研の学生二人で飲み会だった
おにぎりを二つも食べてしまった　ごちそうさまでした
庄やは知っていたが、あの奥に料理屋があるとは知らなかった
何とも教授陣の接待場所的な雰囲気でちょっと場違いだった

首藤さんはひらがなで検索したらウタゴエの記事が一番にHITして驚いた
漢字がわかって安心した
ベンチャーを体験した人のお話を間近で伺う機会は初めてで、
今まで聞いたこともない考え方を知れて大変貴重な体験ができた

ホームビジネス？とスタートアップというベンチャーの種類の話と、
税金でベンチャーが儲けても雇用や消費が生まれるという点では社会貢献だというのが印象的だった

うまく言葉では表せないが、ベンチャーに対する見方が大きく変わった

所信表明は明日書きます

4/13午後の活動

できた
・Dellサーバのapt-get完了
・Subversionのインストールだけ完了
・吉瀬研の力を借りて床下のLAN配線完了 （佐藤さんありがとうございます）
・サーバ室へのルータのインストール完了 （実はよそのルータを破壊しかけて焦った）

できない
・無線での接続怪しい　ルータの無線の設定はもう少し改める必要がありそう
・ルータのWANの設定は謎　火曜に他の研究室に教えを請います
・HUBのインストールできず　時間足りず

ルータ稼働後は徐々に計算機資産を鈴村ネットワークに移行する作業もあるので大変そう
特にCondorクラスタは迅速に移動させないと今後の演習にも係わってくる
できれば今週中に作業を完遂させたい

サーバ資産のネットワーク変更作業のためにはシリアルコンソールがあると便利
シリアル端子のあるノートがないので残念

4/13午前の活動

・ミーティングを行い今後について再確認を行った。
・Dell8300にUbuntuをインストール。suzumura-server
・里城さんに管理すべきサーバのパスワードを教えていただき、アカウントをいただいた。
（router, air, nas01, nas02, condor全部）

生協の弁当が２０円ずつくらい値上がりしていた。残念。
パソコンのスペックなどをWikiに書いた。
GoogleのWikiは案外使いやすくて驚いた。

現在までの進展状況

行ったこと
・CondorのIPアドレスを調べた（wikiより）
・CondorにPingを試して生存を確認した
・研究室を清掃した

行うべきこと
・生協でパソコンを発注する　4/13（月）に
・卒論の紙を提出する　4/13（月）に・本を要約する　4/15（水）まで
・メインマシンをLet's Noteに置き換える
・DellにUbuntuをインストールしてHTTPサーバにする
・里城さんにCondorのPassを教わる
・小長谷先生に本と機材をどうすればいいか伺う　4/16（木）の朝に